Një tjetër zbulim i madh në lidhje me misterin e Kryqëzimit të Krishtit është bërë nga arkeologët në Jeruzalem.
Arkeologët kanë zbuluar se gjurmët e kockave dhe drurit janë gjetur në thonjtë që dyshohet se lidhen me kryqëzimin e perëndisë, që datojnë në të njëjtën periudhë dhe nga e njëjta zonë, në atë që njihet si koha e sakrificës së madhe për njerëzimin.
Thonjtë u zbuluan në Jerusalem në vitin 1990, në një varr në shpellën Caiaphas. Ata kishin humbur në një moment, por në një dokumentar të vitit 2011 të titulluar “Nails Of The Cross”, regjisori Simcha Jacobovici tha se ai kishte rimarrë reliket antike.
Sipas një studimi të ri, fragmente të ngulitura kockash dhe druri që datojnë mijëra vjet u gjetën në thonjtë që besohet se lidhen me Kryqëzimin e Jezu Krishtit. Autori i botimit Dr. Aryeh Shimron zbuloi se gjurmët e gjetura në thonjtë janë të njëjta me ato të gjetura në shpellën e Caiaphas, një fakt që u konfirmua pas analizave kimike.
Studiuesi shtoi thonjtë e ndryshkur përmbajnë copa druri, si dhe fragmente kockash, gjë që dëshmon se nuk është një lidhje artificiale me to.
Ai gjithashtu deklaroi se këto thonj ishin në gjendje të mbërthejnë një dorë njerëzore në një kryq prej druri . Sidoqoftë, arkeologët nuk janë në gjendje të konfirmojnë nëse thonjtë kanë lidhje të drejtpërdrejtë me Kryqin e Jezu Krishtit apo jo.