Kur përmendet anija pirate, gjëja e parë që të vjen ndërmend janë flamujt me një kafkë njeriu në të. Këta flamuj me simbolin e kafkës dhe kockave të kryqëzuara hynë në jetën tonë për herë të parë në shekullin e 17-të.
Ato quhen ndryshe Jolly Roger dhe janë një simbol i përdorur nga anijet pirate para ose gjatë një sulmi. Kur arrijmë tek origjina e flamujve të piratëve, sipas disa burimeve, pretendohet se ky term vjen ose rrjedh nga fjala ‘Joli Rouge’ (e bukur-e kuqe e mirë) për t’iu referuar një flamuri të kuq të përdorur nga piratët francezë.
Piratët mendohet se janë gati për të vrarë dhe i atribuohen gjakut të derdhur. Sipas një burimi tjetër, mendohet se vjen nga termi anglez ‘Old Roger’, që do të thotë djall. Edhe pse piratët ishin jashtë autoritetit shtetëror, ata kishin rregulla strikte brenda vetes.
Ata dinin të organizoheshin dhe mund të bëheshin pjesë e një administrate të disiplinuar. Një tjetër arsye se pse flamujt u krijuan ishte për të frikësuar ‘gjahun’ e tyre. Ngjyra e zezë tregon se ata ishin piratë, por treshja e simboleve të ndërthurura tregonin vdekjen, dhunën dhe kohën e kufizuar.