Pas 10 vitesh, Bekim Balaj ka vendosur të tërhiqet nga kombëtarja. Ai debutoi në 14 nëntorin e vitit 2012 në një ndeshje miqësore ndaj Kamerunit, ndërsa ndeshjen e fundit me fanellën kuqezi e luajti më 6 tetorin e 2022 në disfatën 1-2 kundër Izraelit.
Futbollisti i Vllaznisë u aktivizua në 48 ndeshje me përfaqësuesen shqiptare realizoi 9 herë, ndërsa të gjithë tifozët kujtojnë golin e tij të parë me Shqipërinë i dha edhe fitoren e parë në histori kuqezinjve përballë Portugalisë. Një gol që i hapi rrugën kualifikimit të parë historik të Kombëtares në Europianin “Francë 2016”.
Balaj ishte pjesë e Kombëtares në Euro2016 ku u aktivizua në fitoren ndaj Rumanisë me rezultatin 1-0. Prej janarit 2023, 33-vjeçari është pjesë e Vllaznisë klubi që e formoi si futbollist dhe këtë sezon në 12 ndeshje ka shënuar tetë gola.